В поздних главах манги показывается повзрослевший и изменившийся Наруто (там ему уже 15 лет). Он стал гораздо серьёзнее, выше (раньше он был самым низким в отряде), сильнее, быстрее и даже умнее. Некоторые его качества всё же остаются такими же: он оказывается единственным из всех сверстников, кто остался на уровне гэнина — все остальные за два с половиной года, оставшихся за кадром, получили ранг тюнинов, а некоторые даже дзёнинов — Хюга Нэдзи, Канкуро, Тэмари — и кадзэкагэ — Гаара.

В 367-й главе манги в разговоре Дзирайи и Цунадэ раскрывается, что отцом Наруто был Четвёртый Хокагэ, а матерью — Кусина Удзумаки. По их словам, Наруто внешне похож на отца, но по характеру и стилю ниндзюцу напоминает мать. Впоследствии принимает участие вместе с другими синоби в повторной миссии по спасению Сасукэ, а также разрабатывает (с помощью Какаси и Ямато) уникальную технику завершенного «расэнгана» — «Расэнган-сюрикэн», при помощи которого поражает одного из членов Акацуки — Какудзу. Во время повторной миссии по спасению Сасукэ встречает Итати, который делится с ним своей силой, чтобы в случае нападения Сасукэ на Коноху Наруто смог его остановить.

После того как Наруто узнал о гибели Дзирайи и поняв что расшифровка его послания не говорит толком как победить Пейна он решает пойти тренироваться с Фукасаку к горе Мэгобудзан, чтобы стать сильнее, где когда-то тренировался Дзирайя, выучив все техники жабьего отшельника. После возвращения демонстрирует свою чрезвычайно возросшую силу, с легкостью уничтожая два тела Пэйна и несколько призванных им животных. В бою Наруто переполнен самыми страшными эмоциями, что когда либо чувствовал, и они пробуждают страшную силу — у Наруто высвобождается шесть хвостов. При этом из чакры Девятихвостого начинает формироваться скелет Лиса. Далее Наруто уже собирался сорвать печать окончательно, но его остановил Четвёртый Хокагэ, который поместил свой образ в подсознание Наруто когда запечатал лиса, чтобы в случае, если печать будет под угрозой срыва, он смог остановить превращение. После того, как Минато восстановил печать, Наруто решил найти настоящего Нагато, чтобы поговорить. Он находит Конан и Нагато в укрытии, в форме дерева. Нагато показывает Наруто, как он убил Дзирайю, а также свою первую боль, которую он испытал в мире. Нагато ждёт ответа Наруто и тот отвечает, что он будет верить в то, во что верил Дзирайя и он отказывается убивать Нагато. Ответ Наруто — никогда не сдаваться и найти мир — это слова, написанные в книги Дзирайи «Легенда о бесстрашном ниндзя». Выясняется, что образ главного героя книги и его слова Дзирайя написал с Нагато, когда тот был в возрасте Наруто, и Наруто фактически перенял мечты Нагато, и даже был назван в честь него: имя главного героя книги было Наруто. Родителям Наруто так понравилась книга и её главный герой, что они захотели, чтобы и их сын был на него похож, и дали ему имя главного героя книги. Нагато вспоминает свои мечты и верит, что Наруто это тот человек, который способен их воплотить в жизнь, и ценой своей жизни исполняет технику, которая оживляет всех людей в Конохе которых он убил.

Какаси донёс до деревни падающего с ног от усталости Наруто, встречать которого вышли все жители. В это время Дандзо провел экстренное заседание Совета деревни, на котором Цунадэ была смещена с должности, а он сам назначен Шестым Хокагэ. Он отдаёт приказ уничтожить Сасукэ. Наруто следует на экстренную встречу хокагэ, чтобы убедить Райкагэ не убивать Сасукэ. Райкагэ отвечает Наруто отказом.